นายประทีป รับราชการในสังกัดกระทรวงมหาดไทย จนกระทั่งได้รับแต่งตั้งเป็นนายอำเภอเมืองศรีสะเกษ ต่อมาได้รับแต่งตั้งเป็นผู้อำนวยการสำนักกฎหมาย สำนักปลัดกระทรวงมหาดไทย และเป็นรองผู้ว่าราชการจังหวัดปัตตานี เป็นรองอธิบดี กรมป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย จนกระทั่ง คณะรัฐมนตรี ได้มีมติเมื่อวันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2554 แต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งผู้ว่าราชการจังหวัดศรีสะเกษแทนนายสมศักดิ์ สุวรรณสุจริต โดยได้มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเมื่อวันที่ 13 มกราคม พ.ศ. 2555 [3]

หลังจากดำรงตำแหน่งได้ 3 ปี นายประทีปก็ได้ย้ายไปดำรงตำแหน่งผู้ว่าราชการจังหวัดอุบลราชธานีแทนนายเสริม ไชยณรงค์ตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 27 มกราคม พ.ศ. 2558 โดยได้มีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเมื่อวันที่ 11 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2558 [4]

ในวันที่ 21 กรกฎาคม พ.ศ. 2558 คณะรัฐมนตรีมีมติแต่งตั้งให้นายประทีปมาดำรงตำแหน่งรองปลัดกระทรวงมหาดไทย โดยมีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเมื่อวันที่ 18 สิงหาคม พ.ศ. 2558 [5] โดยมีผลเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2558

ต่อมาในวันที่ 16 สิงหาคม พ.ศ. 2559 คณะรัฐมนตรีได้มีมติแต่งตั้งให้นายประทีปดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมที่ดิน แทนนายอภินันท์ ซื่อธานุวงศ์ที่เกษียณอายุราชการ โดยมีผลในวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2559 และมีพระบรมราชโองการโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเมื่อวันที่ 12 กันยายน พ.ศ. 2559 [6]